INNER CODE UNIT · Python

alignment_len_calc

PKU-EMBL/BASALT · Bin_quality_evaluation.py:56

def alignment_len_calc(blast_output, bin_length):
    vs_bins_contigs, aligned_length={}, {}
    standard_bin=str(blast_output).split('_vs_')[0].split('Filtrated_')[1]
    test_bin=str(blast_output).split('_vs_')[1].split('.txt')[0]
    vs_bins_contigs[standard_bin]={}
    vs_bins_contigs[test_bin]={}

    for line in open(blast_output,'r'):
        simi=float(str(line).strip().split('\t')[2])
        length=float(str(line).strip().split('\t')[3])
        if float(simi) >= 99 and int(length) >= 100:
            contig1=str(line).strip().split('\t')[0].split('||')[1]  
            query_start=int(str(line).strip().split('\t')[6])
            query_end=int(str(line).strip().split('\t')[7])
            # standard_bin=str(line).strip().split('\t')[0].split('||')[0]       
            contig2=str(line).strip().split('\t')[1].split('||')[1] 
            subject_start=int(str(line).strip().split('\t')[8])
            subject_end=int(str(line).strip().split('\t')[9])

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